Khu bảo tồn biển là loại hình khu bảo tồn thiên nhiên, được xác lập ranh giới trên biển, đảo, quần đảo, ven biển để bảo vệ đa dạng sinh học biển (theo khoản 6 Điều 3 Luật Thủy sản 2017)

Tại Việt Nam, dự án thí điểm khu bảo tồn Hòn Mun được Bộ Thủy sản, UBND tỉnh Khánh Hòa và Tổ chức bảo tồn thiên nhiên thế giới (IUCN) thực hiện từ năm 2001-2005 và được Quỹ môi trường toàn cầu (GEF) tài trợ thông qua Ngân hàng thế giới, Cơ quan phát triển quốc tế Đan Mạch (DANIDA), IUCN và Chính phủ Việt Nam. Từ năm 2003-2007, với sự hỗ trợ của Chính phủ và DANIDA thông qua dự án Hỗ trợ mạng lưới các khu bảo tồn biển Việt Nam, mạng lưới đã được tăng cường đồng thời khu bảo tồn biển thứ 2 và 3 là Cù Lao Chàm và Phú Quốc đã ra đời.

Với sự hỗ trợ của LMPA, UBND tỉnh Quảng Trị quyết định thành lập Khu bảo tồn biển đảo Cồn Cỏ. Sau khi 4 khu bảo tồn biển đã thành lập và mang lại những kết quả nhất định trong công tác bảo tồn biển, nhận thức được tầm quan trọng của hệ thống các khu bảo tồn biển Việt Nam, Thủ tướng Chính phủ phê duyệt Quy hoạch hệ thống khu bảo tồn biển đến năm 2020 theo Quyết định số 742/QĐ-TTG ngày 26/5/2010 với mạng lưới các khu bảo tồn biển gồm 16 khu bảo tồn biển sẽ được thành lập và đưa vào hoạt động.

Đến nay, cả nước đã thành lập và đưa vào hoạt động được 11 mạng lưới KBTB (Tổng diện tích 174.748,85 ha, chiếm khoảng 0,175% diện tích vùng biển tự nhiên của Việt Nam) trong tổng số 16 KBTB tại Việt Nam gồm: Cát Bà, Bạch Long Vỹ, Cồn Cỏ, Cù Lao Chàm, Lý Sơn, vịnh Nha Trang, Núi Chúa, Hòn Cau, Côn Đảo, Phú Quốc, Cô Tô-Đảo Trần. Hiện còn 4 khu chưa có hồ sơ phê duyệt là Hòn Mê, Sơn Chà-Hải Vân, Phú Quý, Nam Yết.